MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanobrevibacter ruminantium M1 chromosome

Total Repeats: 48206

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013790	GAA	2	6	28	33	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559259
2	NC_013790	GAGT	2	8	41	48	25 %	25 %	50 %	0 %	288559259
3	NC_013790	A	6	6	61	66	100 %	0 %	0 %	0 %	288559259
4	NC_013790	ATC	2	6	74	79	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559259
5	NC_013790	T	6	6	81	86	0 %	100 %	0 %	0 %	288559259
6	NC_013790	AGAA	2	8	106	113	75 %	0 %	25 %	0 %	288559259
7	NC_013790	CTG	3	9	209	217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288559259
8	NC_013790	AGC	2	6	233	238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	288559259
9	NC_013790	AT	3	6	282	287	50 %	50 %	0 %	0 %	288559259
10	NC_013790	TGGA	2	8	366	373	25 %	25 %	50 %	0 %	288559259
11	NC_013790	AAG	2	6	411	416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559259
12	NC_013790	TTC	2	6	470	475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559259
13	NC_013790	ATA	2	6	521	526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559259
14	NC_013790	AGC	2	6	589	594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	288559259
15	NC_013790	ATG	2	6	626	631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559259
16	NC_013790	GAA	2	6	679	684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559259
17	NC_013790	GAA	2	6	694	699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559259
18	NC_013790	GCT	2	6	727	732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288559259
19	NC_013790	GAA	2	6	736	741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559259
20	NC_013790	GAA	2	6	796	801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559259
21	NC_013790	TAA	2	6	858	863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559259
22	NC_013790	TTA	3	9	875	883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559259
23	NC_013790	CCAAC	2	10	889	898	40 %	0 %	0 %	60 %	288559259
24	NC_013790	AGA	2	6	1012	1017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559259
25	NC_013790	ATT	2	6	1105	1110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559259
26	NC_013790	CTG	2	6	1151	1156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288559259
27	NC_013790	TAGA	2	8	1165	1172	50 %	25 %	25 %	0 %	288559259
28	NC_013790	GTA	2	6	1767	1772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559260
29	NC_013790	AGG	2	6	1820	1825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	288559260
30	NC_013790	AAT	2	6	1850	1855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559260
31	NC_013790	ATTGA	2	10	1977	1986	40 %	40 %	20 %	0 %	288559260
32	NC_013790	GTT	2	6	1995	2000	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559260
33	NC_013790	CAA	2	6	2091	2096	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	288559260
34	NC_013790	TG	3	6	2143	2148	0 %	50 %	50 %	0 %	288559260
35	NC_013790	TGT	2	6	2234	2239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559260
36	NC_013790	TTA	2	6	2284	2289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559260
37	NC_013790	AAAG	2	8	2515	2522	75 %	0 %	25 %	0 %	288559261
38	NC_013790	GTATTT	2	12	2589	2600	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559261
39	NC_013790	GACT	2	8	2605	2612	25 %	25 %	25 %	25 %	288559261
40	NC_013790	GGAT	2	8	2676	2683	25 %	25 %	50 %	0 %	288559261
41	NC_013790	TTG	2	6	2698	2703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559261
42	NC_013790	CTTG	2	8	2726	2733	0 %	50 %	25 %	25 %	288559261
43	NC_013790	GA	3	6	2751	2756	50 %	0 %	50 %	0 %	288559261
44	NC_013790	GTTG	2	8	2759	2766	0 %	50 %	50 %	0 %	288559261
45	NC_013790	TTG	2	6	2815	2820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559261
46	NC_013790	ACA	2	6	2824	2829	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	288559261
47	NC_013790	AGA	2	6	2977	2982	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559261
48	NC_013790	TCT	2	6	3148	3153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559261
49	NC_013790	AATCA	2	10	3205	3214	60 %	20 %	0 %	20 %	288559261
50	NC_013790	TCA	2	6	3248	3253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559261
51	NC_013790	ATC	2	6	3330	3335	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559261
52	NC_013790	TTA	2	6	3423	3428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559261
53	NC_013790	GTT	2	6	3483	3488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559261
54	NC_013790	TAT	2	6	3504	3509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559261
55	NC_013790	GA	3	6	3543	3548	50 %	0 %	50 %	0 %	288559261
56	NC_013790	ATA	2	6	3639	3644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559261
57	NC_013790	AAGCCT	2	12	3645	3656	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	288559261
58	NC_013790	TGAT	2	8	3892	3899	25 %	50 %	25 %	0 %	288559261
59	NC_013790	ATA	2	6	3901	3906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559261
60	NC_013790	TCC	2	6	3966	3971	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	288559261
61	NC_013790	AGAT	2	8	4063	4070	50 %	25 %	25 %	0 %	288559261
62	NC_013790	A	6	6	4076	4081	100 %	0 %	0 %	0 %	288559261
63	NC_013790	TTTCAA	2	12	4087	4098	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	288559261
64	NC_013790	AGA	2	6	4099	4104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559261
65	NC_013790	ATTC	2	8	4194	4201	25 %	50 %	0 %	25 %	288559261
66	NC_013790	CAA	2	6	4270	4275	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	288559261
67	NC_013790	ATG	2	6	4309	4314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559261
68	NC_013790	AGA	2	6	4337	4342	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559261
69	NC_013790	ATG	2	6	4380	4385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559261
70	NC_013790	ATA	2	6	4386	4391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559261
71	NC_013790	TGT	2	6	4424	4429	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559261
72	NC_013790	TCT	2	6	4448	4453	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559261
73	NC_013790	GCTA	2	8	4529	4536	25 %	25 %	25 %	25 %	288559261
74	NC_013790	TAT	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559261
75	NC_013790	TTTTA	2	10	4565	4574	20 %	80 %	0 %	0 %	288559261
76	NC_013790	TTA	2	6	4589	4594	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559261
77	NC_013790	TTG	2	6	4605	4610	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559261
78	NC_013790	AGT	2	6	4771	4776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559261
79	NC_013790	T	6	6	5248	5253	0 %	100 %	0 %	0 %	288559262
80	NC_013790	TCG	2	6	5282	5287	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288559262
81	NC_013790	ACTTTA	2	12	5336	5347	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	288559262
82	NC_013790	CTGC	2	8	5426	5433	0 %	25 %	25 %	50 %	288559262
83	NC_013790	TAGC	2	8	5483	5490	25 %	25 %	25 %	25 %	288559262
84	NC_013790	T	6	6	5518	5523	0 %	100 %	0 %	0 %	288559262
85	NC_013790	T	6	6	5559	5564	0 %	100 %	0 %	0 %	288559262
86	NC_013790	TCA	2	6	5642	5647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559262
87	NC_013790	TGT	2	6	5655	5660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559262
88	NC_013790	TAC	2	6	5731	5736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559262
89	NC_013790	TGA	2	6	5802	5807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559262
90	NC_013790	TCT	2	6	5822	5827	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
91	NC_013790	TTAA	2	8	5840	5847	50 %	50 %	0 %	0 %	288559262
92	NC_013790	ATC	2	6	5890	5895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559262
93	NC_013790	TCC	2	6	5971	5976	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	288559262
94	NC_013790	GAG	2	6	6016	6021	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	288559262
95	NC_013790	GAG	2	6	6055	6060	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	288559262
96	NC_013790	GTCA	2	8	6211	6218	25 %	25 %	25 %	25 %	288559262
97	NC_013790	AT	3	6	6315	6320	50 %	50 %	0 %	0 %	288559262
98	NC_013790	TCT	2	6	6377	6382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
99	NC_013790	TTC	2	6	6427	6432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
100	NC_013790	GTTT	2	8	6435	6442	0 %	75 %	25 %	0 %	288559262
101	NC_013790	TGTT	2	8	6486	6493	0 %	75 %	25 %	0 %	288559262
102	NC_013790	TCT	2	6	6509	6514	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
103	NC_013790	TCT	2	6	6545	6550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
104	NC_013790	AAG	2	6	6703	6708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559262
105	NC_013790	TCC	2	6	6736	6741	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	288559262
106	NC_013790	TCT	2	6	6809	6814	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
107	NC_013790	TCC	2	6	6889	6894	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	288559262
108	NC_013790	TCC	2	6	6928	6933	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	288559262
109	NC_013790	TCC	2	6	7084	7089	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	288559262
110	NC_013790	T	6	6	7140	7145	0 %	100 %	0 %	0 %	288559262
111	NC_013790	CAT	2	6	7146	7151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559262
112	NC_013790	TTC	2	6	7168	7173	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
113	NC_013790	TTTCAG	2	12	7215	7226	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	288559262
114	NC_013790	CAG	2	6	7251	7256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	288559262
115	NC_013790	ATT	2	6	7273	7278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559262
116	NC_013790	TTC	2	6	7294	7299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559262
117	NC_013790	TTA	2	6	7304	7309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559262
118	NC_013790	TAC	2	6	7348	7353	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559262
119	NC_013790	TCA	2	6	7355	7360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559262
120	NC_013790	GCA	2	6	7361	7366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	288559262
121	NC_013790	AAT	2	6	7444	7449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559262
122	NC_013790	CAT	2	6	7846	7851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559263
123	NC_013790	GATAA	2	10	7922	7931	60 %	20 %	20 %	0 %	288559263
124	NC_013790	ATACA	2	10	7994	8003	60 %	20 %	0 %	20 %	288559263
125	NC_013790	ATG	2	6	8016	8021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559263
126	NC_013790	TCAAGG	2	12	8064	8075	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288559263
127	NC_013790	CAT	2	6	8128	8133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559263
128	NC_013790	AGTG	2	8	8154	8161	25 %	25 %	50 %	0 %	288559263
129	NC_013790	TACGG	2	10	8162	8171	20 %	20 %	40 %	20 %	288559263
130	NC_013790	AAG	2	6	8189	8194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559263
131	NC_013790	TTA	2	6	8353	8358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559263
132	NC_013790	CTG	2	6	8424	8429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288559263
133	NC_013790	TTG	2	6	8503	8508	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559263
134	NC_013790	AAT	2	6	8520	8525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559263
135	NC_013790	AG	3	6	8543	8548	50 %	0 %	50 %	0 %	288559263
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